水生植物净化水质的功能主要通过两种途径完成：一是通过根部吸收N、P、重金属等营养物质后富集在生物体内；二是它们发达的根系上形成了大量的生物膜，植物通过根端向生物膜输氧，使微生物参与对污染物的净化。水生植物与藻类同处于“初级生产者”地位，与藻类竞争营养、光照和生长空间等生态资源，在防止水体富营养化中具有极其重要的作用。在水生植物系统营造中，根据水域形态与面积的差异，布设植物种植槽，以控制水生植物的生长范围和匹配园区环境景观。园区水域水生植物包括浮水植物、沉水植物和挺水植物，均为具有较高观赏价值、防污抗污能力强、净水功能高的北京地区乡土植物。它们环境适应性强，在精心植栽和养护条件下，成活率常在95%以上，且生长和繁殖快。

水生动物通过其呼吸道、消化道、皮肤等途径吸收水中污染物，对净化水体水质有重要作用。适时适量合理地向水域中投放和养殖水生动物，使其与水体中的原生动物、浮游生物、底栖动物、细菌、藻类之间建立相互协调的“食物链”，构成复杂的生态系统，既能强化水质，又可以降低水中的藻类含量。